Dans
tous les milieux océaniques, des zones centrales très pauvres
aux zones côtières beaucoup plus riches, la base de l'écosystème
pélagique est constituée par un assemblage d'organismes
de très petite taille (entre 0.2 et 2-3 µm) : le picoplancton.
Celui-ci est composé de virus, de bactéries et d'eucaryotes.
Ces organismes jouent un rôle clé dans la production et le
recyclage de la matière vivante. En clonant et séquençant
l'ADN des bactéries présentes dans un échantillon
océanique, une équipe de chercheurs avait découvert
dès 1990 que la plupart des groupes bactériens présents
dans l'océan n'avaient jamais été isolés en
culture auparavant et que leur fonction était complètement
inconnue.
Dix ans plus tard, de nombreuses études ont été consacrées
aux bactéries marines et de nouveaux groupes fonctionnels isolés.
Les chercheurs
pensaient jusqu'à présent que la composante eucaryote des
écosystèmes avait été inventoriée.
En effet, elle regroupe toutes les microalgues et des groupes de prédateurs
tels que les ciliés. Cependant, les travaux de Seung Yeo Moon-van
der Staay et Daniel Vaulot (Centre d'études d'Océanographie
et de Biologie Marine - CNRS-Roscoff/Université Pierre et Marie
Curie ) en collaboration avec Rupert De Wachter (Université d'Anvers,
Belgique) publiés dans Nature du 1er
février montrent que la composante eucaryote du picoplancton recèle
également une large part d'inconnu. Après avoir recueilli
l'ADN d'un échantillon de picoplancton du Pacifique équatorial,
ces chercheurs ont cloné et séquencé le gène
de l'ARN ribosomal. Ce gène permet d'établir l'appartenance
taxonomique des organismes. Ils ont alors découvert que la quasi
totalité des séquences ainsi obtenues ne pouvaient être
rattachées à celles d'organismes connus. Certaines séquences
se rapportent à des groupes découverts en milieu océanique,
telles que les Prasinophytes qui sont une classe d'algues vertes primitives,
mais correspondent à des espèces non isolées à
ce jour. D'autres séquences appartiennent à de nouvelles
branches dans l'arbre des protistes, par exemple une branche intermédiaire
entre les Apicomplexes (parasites dont l'un des représentants est
Plasmodium, l'agent du paludisme) et les Dinoflagellés (classe
importante du plancton marin contenant des organismes responsables d'efflorescences
toxiques tel que Dinophysis). La majorité des séquences
obtenues appartiennent à des organismes probablement non-photosynthétiques
qui sont soit des espèces prédatrices, soit des espèces
impliquées dans la dégradation de la matière vivante.
Pourtant, les chercheurs pensaient que cette dernière fonction
était principalement assurée par des bactéries et
non par des eucaryotes. Ces nouvelles données démontrent
que les processus à la base du fonctionnement des écosystèmes
océaniques sont plus complexes que ce qu'avaient supposé
les chercheurs jusqu'à présent.
Ces travaux
illustrent tout le potentiel des approches issues de la biologie moléculaire
en océanographie.
Référence : Oceanic 18S rDNA sequences
from picoplankton reveal unsuspected eukaryotic diversity", Seung
Yeo-Moon-van der Staay, Rupert De Wachter, Daniel Vaulot, Nature, 1er
février 2001.
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Seung Yeo Moon-van der Staay et Daniel Vaulot (Centre d'études
d'Océanographie et de Biologie Marine -CNRS-Roscoff / Université
Pierre et Marie Curie) en collaboration avec Rupert De Wachter (Université
d'Anvers, Belgique).
Contact
chercheur :
Daniel Vaulot
Centre d'études d'Océanographie et de Biologie Marine -
CNRS-Roscoff / Université Pierre et Marie Curie
Tel : 02 98 29 23 34.
Mél : vaulot@sb-roscoff.fr
Web : http://www.sb-roscoff.fr/Phyto/phyto_fr.html
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département des Sciences de l'Univers :
Hélène DOCO
Tél : 01 45 07 55 62
Mél : doco@cnrs-bellevue.fr
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